در این مجموعه سه قنات موجود است، قنات پایین که رشته‌ای از قنات وقف آباد است، از چشمه تامهر می‌آمده و حدود ۴۰ کیلومتر از اینجا فاصله داشته است.
این قنات از یک طرف به داخل مخزن آب انبار راه پیدا می‌کرد و از سوی دیگر سرریز آب را به سایر نقاط شهر منتقل می کرده و به همین دلیل این آب انبار در اکثر مواقع به صورت کامل مملو از آب بوده است.
قنات دیگری که از این مجموعه رد شده، قنات اله‌آباد به عنوان یکی از قدیمی ترین قنات‌های استان یزد و البته از تاثیرگذارترین قنات‌ها در حیات استان به حساب می‌آمده است.
متاسفانه قنات اله‌آباد در حال حاضر خشک است و آب در آن جریان ندارد اما از آنجا که این قنات از قسمت همسطح بخش نخست این مجموعه یعنی بازار زیرزمینی یزد عبور می‌کرده، مسیری از قنات به صورت نمادین حفظ شده است.
سومین قنات این مجموعه، قنات زارچ است که ۲۲۰۰ میله قنات داشته و به عنوان بزرگترین قنات جهان با طول ۷۵کلیومتر در فهرست میراث جهانی یونسکو ثبت شده است.
این قنات بسیار مهم و بزرگ همچنان هم کار انتقال آب را انجام می‌دهد و از داخل مجموعه تاریخی دروازه مهریز امکان مشاهده آبی که در قنات حرکت می‌کند وجود دارد.
مسیر قنات اله آباد و راهروهای زیبای غریب‌خانه(مجموعه بین راهی) در آب انبار دروازه مهریز
مسیر قنات اله آباد در آب انبار دروازه مهریز
